Fall 1995

Quinze anos após o Segundo Impacto, Tóquio-3 enfrenta invasões dos Anjos, seres celestiais que apenas os Evangelions da NERV, liderada por Gendou Ikari, podem combater. Shinji Ikari, filho de Gendou, é forçado a pilotar o Evangelion Unit-01 para salvar a cidade, enquanto lida com o trauma causado pela negligência de seu pai e a perda de sua mãe. Sob a tutela de Misato Katsuragi, ele enfrenta desafios psicológicos enquanto luta contra os Anjos, sem saber das verdadeiras intenções de Gendou.